Auch das Dezernat I.6 (Lebensmittelchemie/Pharmazie) ist im Wesentlichen mit der Wahrnehmung öffentlich-rechtlicher Aufgaben betraut. Hervorgegangen aus dem ehemaligen Pharmazeutisch-lebensmittelchemischen Dezernat beim Wehrbereichskommando wurden in der neuen Struktur der Sanitätskommandos die Schwerpunkte zugunsten der amtlichen Lebensmittelüberwachung verlagert. In Ergänzung zu der Tätigkeit der Veterinäre auditieren die Lebensmittelchemiker die Lieferanten von Lebensmitteln „nichttierischer“ Herkunft, in erster Linie also Bäckereien, Obst- und Gemüse- sowie Getränkelieferanten. Überschneidungen zum Dezernat I.5 gibt es hier und da bei Lieferanten von Convenience-Produkten und Tiefkühlware, da hier häufig sowohl Lebensmittel tierischer als auch nicht-tierischer Herkunft verarbeitet werden.
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